Végleges tervek és az építés
Pecz elbírálatlan pályaterve sok szempontból eltér a később megvalósult épülettől. Ezen az épületszárnyak az udvart több-kevésbé körbefogják, a fasori szárny közepén cour d`honneur-szerű kis díszudvar helyezkedik el középen a bejárattal, az iskolához balról csatlakozik a templom. Pecz 1903. májusában nem kevesebb, mint hét vázlatot rajzolt az épülethez. Közös jellemzőjük, hogy a gimnázium tantermei a telek keleti oldalán húzódó szárnyban helyezkednek el, a fasori főszárnyban a díszterem és a tanárok szobái találhatók, és a főszárnyhoz jobbról csatlakozik a templom. Ez az alapelrendezés igen közel áll Schodits pályatervéhez, melyet feltehetően Pecznek figyelembe kellett vennie. Az építő bizottság a VII. számmal jelölt vázlatot fogadta el, és megbízta Peczet, hogy ez alapján készítse el a végleges tervet. Az egyházkerület választmányának 1903. június 20-i ülésén már azt jelentették, hogy Pecz Samuval "az építési munkák kivitelére vonatkozó szerződés meg lett kötve." – vagyis ő irányítja a kivitelezést –, továbbá az egyes munkákra nyilvános pályázatot írnak ki. A szerződés értelmében a gimnázium 1904. augusztus 1-re, a templom november 1-re készül el.
A fővárosi tanács építési osztálya 1903. augusztus 7-én a beadványi terveket jóváhagyta, az építkezés megkezdődhetett. A szükséges pénzt részben az évek óta gyűjtött tőkéből, részben a hívek önkéntes adományaiból, részben állami segélyből teremtették elő. A kivitelezési munkákra beérkezett pályázatok alapján a templom építésének költségei 125.437 korona 69 fillérre, a gimnáziumé 353.379 korona 83 fillérre rúgtak. A templom esetében ez az eredeti költségvetéshez képest 35.000 korona túlkiadást, a gimnázium esetében 27.000 korona megtakarítást jelentett volna. Az építési bizottság azt javasolta, hogy a gimnáziumnál a megtakarított pénzt is az építkezés céljára használják fel oly módon, hogy egyes helyeken a tervbe vettnél jobb anyagokat alkalmaznak, illetve az épületbe központi fűtést szerelnek. A választmány nemcsak hogy magáévá tette ezt az elképzelést, hanem az iskola építésére szánt összeget 410.000 koronára fölkerekítette.
Az épület falegyenig – főpárkányig – történő elkészültét jelző bokrétaünnepélyét 1903. december 5-én megtartották. Az elkészült gimnáziumépületet a tervezettnél valamivel később, 1904. szeptember 26-án vették használatba. Pecz 1904. novemberében jelentette, hogy a díszterem festése és a többi hátralévő, apróbb munka decemberre készül el. Ekkorra már a templom építése is előrehaladt, mert harangpróbát tartottak: az építésznek figyelemmel kellett kísérnie, hogy a toronyban a harangozás nem okoz-e mozgást. A templom azonban csak később készült el teljesen, felavatására 1905. október 8-án került sor. Oltárképe évekkel ezután került a helyére.
Említést érdemelnek az épületegyüttes kivitelezésében részt vett fontosabb mesterek és cégek is: Schubert és Hikisch építési vállalkozók (föld-, kőműves és elhelyező munka), Kauser János és Társa kőfaragók, akik oltárunkat, szószékünket és keresztelőmedencénket készítették, a keresztelőmedence vörösréz, stilizált levelekkel borított fedője Jancsurák Gusztáv híres műve, Róth Miksa üvegfestő (a bejárat fölötti mozaikot is ő készítette), Langer Ignác szobrász, Zsolnay gyár (fajansz tagozatok), Steinhausl és Hölber szobafestők, Kovács Zsigmond bútorasztalos. A felsoroltak közül nem egy névvel rendszeresen lehetett találkozni a nagy budapesti építkezéseken, Róth Miksa és Zsolnay Vilmos műhelye, illetve gyára pedig művészi színvonalú termékei révén a legjobbnak számított Magyarországon. A gimnázium kertjét Pecz Armin, a neves kertész ingyen alakította ki. Orgonánkat 1905-ben a kor legjobb orgonakészítői, a híres pécsi Angster dinasztia mestere készítette. Díszes oltárunk képét nem kisebb mester, mint a Magyarország legelső festői között számontartott Benczúr Gyula festette. Benczúr a megbízást 1911-ben kapta és 1913-ra teljesítette. A nagy szakmai tudással megfestett kép témája „A napkeleti bölcsek hódolása a kisded Jézus előtt”.